Das Winterthurer Trinkwasser ist von sehr guter Qualität. Das gewährleisten jährlich rund 700 Wasserproben und die angelegten Grundwasser-Schutzzonen. Ausserdem wird das Winterthurer Trinkwasser nicht behandelt.

Das Abwasser der Stadt Winterthur gelangt über das Entwässerungsleitungsnetz in die Abwasserreinigungsanlage (ARA). Dort wird es gereinigt und fliesst anschliessend in die Töss.

Auf Winterthurer Gemeindegebiet fliessen 129 öffentliche Gewässer. Sie werden von den umliegenden Hügeln gespiesen und leiten das Regenwasser aus dem Siedlungsgebiet ab.
 
Um Schadenfälle im besiedelten Gebiet zu vermeiden, ist es besonders bei oder nach starken Niederschlägen nötig, Regen- und Sickerwasser abzuleiten.