Für das Stadthaus ist ein Nutzungs- und Belegungskonzept erarbeitet worden. Ziel ist, dass alle heutigen Nutzer inskünftig möglichst optimale Bedingungen vorfinden. Unter den entwickelten Szenarien soll jenes weiterverfolgt werden, das einerseits Verbesserungen im Bestand und anderseits die Auslagerung des Stadtarchivs vorsieht.

Im Zusammenhang mit der Zentralisierung der städtischen Verwaltung im Superblock wurden grössere Flächen im Stadthaus leer. Mittlerweile sind neue Nutzer eingezogen: die Pensionskasse, die Finanzkontrolle und das Friedensrichteramt.
Das Stadtarchiv und das Musikkollegium Winterthur, die beide schon lange im Stadthaus angesiedelt sind, haben bereits seit längerer Zeit Bedarf an zusätzlichen Flächen angemeldet. Es wurden diverse Möglichkeiten geprüft und mit der kantonalen Denkmalpflege besprochen. In diesem Prozess stellte sich heraus, dass es von Vorteil wäre, die unterschiedlichen Vorstellungen der Nutzer zusammenzufassen und ein Gesamtkonzept für die Nutzung des Stadthauses zu erarbeiten.
Der Stadtrat hat  dieses Nutzungs- und Belegungskonzepts mittlerweile zustimmend zur Kenntnis genommen. Als Grundlage für weitere Planungsschritte hat er jenes Szenario gewählt, das eine Optimierung im Bestand und die Auslagerung des Stadtarchivs sowie der Hauswartwohnung vorsieht. Eine Voraussetzung für die Umsetzung dieses Szenarios ist, dass das Musikkollegium seinen Hauptspielort weiterhin im Stadthaus hat.
Für die weitere Planung ist ein Raumprogramm mit Betriebskonzept für das Stadtarchiv zu erarbeiten, und für die Auslagerung des Stadtarchivs sind geeignete Standorte zu suchen. Offen ist, ob ein Neubau erstellt oder eine bestehende Liegenschaft umgebaut und nutzbar gemacht werden soll. Mit der angestrebten Bereinigung der Nutzungen soll eine langfristige und nachhaltige Nutzung des Stadthauses gesichert werden. Für die Umsetzung des Gesamtprojekts muss mit einem Zeithorizont von rund neun Jahren gerechnet werden.