Die Geschäftsleitung der Stadtpolizei Winterthur setzt sich aus dem Kommandanten, dessen Stellvertreter, dem Leiter Medien & Kommunikation und den sechs Hauptabteilungsleitern zusammen. Der Geschäftsleitung obliegt die strategische und operative Führung des Polizeikorps (Korpsführung).
Die Stadtpolizei ist einer von fünf Bereichen des Departements Sicherheit und Umwelt (DSU). Dementsprechend ist die politisch vorgesetzte Stelle die Vorsteherin des DSU. Zurzeit wird dieses Amt durch Stadträtin Katrin Cometta bekleidet.